Il cervello delle persone che rientranti nello spettro autistico presenta ben precise differenze di funzionamento rispetto al cervello delle persone Neurotipiche  di conseguenza , riuscire a capire quali sono le aree che presentano queste differenze di funzionamento può diventare essenziale per comprendere con maggiore precisione quali siano le cause di questa differenza. 

Grazie alle nuove tecniche di Neuroimaging Funzionale si ha una visione più particolareggiata delle zone del cervello interessate. 

Nell due foto si può notare benissimo come in un cervello autistico le informazioni che riceve dall'esterno non siano canalizzate come nel cervello Neurotipico.

Tutto questo è dovuto probabilmente ad una diminuzione della connettività funzionale della corteccia visiva del lobo temporale, si tratta di una regione coinvolta nel processamento delle espressioni facciali e del comportamento relativo al comportamento sociale. 

Un altro nucleo funzionalmente compromesso nel cervello degli autistici sarebbe presente in una zona del lobo parietale, dove è localizzato un processo chiave per il processamento dei dati spaziali. Le due aree con minori connessioni svolgerebbero secondo i ricercatori un ruolo chiave nei processi computazionali che determinano la teoria della mente, cioè l’attribuzione di credenze e stati mentali a se stessi e agli altri, e la loro alterazione potrebbe dare un contributo fondamentale all’insorgere dei principali sintomi dell’autismo.